Các cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp, điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hiện nay gồm có Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế hoặc Sở Kế hoạch và Đầu tư.
Nếu dự án nằm trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế thì thuộc thẩm quyền của Ban Quản lý khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế.
Nếu dự án nằm bên ngoài hoặc dự án thực hiện ở cả trong và ngoài khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế hoặc dự án thực hiện tên nhiều tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thì thẩm quyền thuộc về Sở Kế hoạch và Đầu tư mà nhà đầu tư đặt trụ sở chính hoặc văn phòng điều hành dự án.
Cơ quan đăng ký kinh doanh ngoài thẩm quyền cấp, điều chỉnh còn có quyền thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trong các trường hợp cần thiết theo quy định pháp luật.
Tham khảo thêm: thành lập công ty vốn nước ngoài

Tham khảo thêm: Thay đổi giấy chứng nhận đầu tư

Thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư được quy định ở Điều 41 Luật đầu tư 2014 như sau:
Điều 41. Thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
1. Cơ quan đăng ký đầu tư quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư trong trường hợp dự án đầu tư chấm dứt hoạt động theo quy định khoản 1 Điều 48 của Luật này.
2. Chính phủ quy định chi tiết về trình tự, thủ tục thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Nhà đầu tư bị cơ quan đăng ký đầu tư thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khi dự án chấm dứt hoạt động thuộc các trường hợp nằm trong Khoản 1 Điều 48 Luật đầu tư 2014 như: nhà đầu tư muốn chấm dứt dự án; hết thời hạn hoạt động của dự án đầu tư; theo bản án, quyết định của Tòa án, Trọng tài…
Quy định chi tiết về trình tự, thủ tục thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư nằm trong Nghị Định số 118/2015/NĐ-CP Hướng dẫn luật đầu tư 2014